Mặc dù dấu hiệu bệnh thường biểu hiện khi trẻ được 18 tháng tuổi, nhưng chẩn đoán có khi phải đợi đến khi trẻ được 2 hoặc 3 tuổi, khi biểu hiện chậm phát triển ngôn ngữ đã trở nên rõ ràng. Chẩn đoán sớm là rất quan trọng vì can thiệp sớm - trước 3 tuổi - thường mang lại khả năng phục hồi tốt nhất.
Hiện nay, chưa có cách chữa khỏi bệnh tự kỷ và không có biện pháp nào phù hợp cho tất cả. Các lựa chọn điều trị gồm liệu pháp hành vi và giao tiếp nhằm giải quyết những khó khăn về giao tiếp, ngôn ngữ và hành vi của trẻ.
Thuốc không cải thiện được các dấu hiệu chủ yếu tự kỷ, nhưng có thể giúp kiểm soát các triệu chứng. Việc dùng các thuốc điều trị tâm thần phải hết sức thận trọng và tùy từng trường hợp mà có sự lựa chọn thích hợp.
Tuyệt đối không tự ý cho trẻ dùng các thuốc kích thích hoặc thuốc an thần khi chưa có chỉ định của bác sĩ. Các liệu pháp hỗ trợ như: nghệ thuật, âm nhạc, chế độ ăn đặc biệt, bổ sung vitamin và muối khoáng cần được duy trì và có tác dụng tốt nếu có sự phối hợp chăm sóc và thể hiện sự quan tâm âu yếm của người thân đối với trẻ.
Tại các trung tâm y khoa chuyên ngành, trẻ thường đáp ứng tốt với các chương trình giáo dục được cấu trúc chặt chẽ, có sự tham gia của một nhóm các chuyên gia và bao gồm nhiều hoạt động khác nhau để cải thiện kỹ năng ứng xử, giao tiếp và hành vi.
Bệnh tự kỷ ở trẻ em cần phải có sự phối hợp chặt chẽ giữa gia đình, cộng đồng và môi trường điều trị để giúp trẻ lấy lại cân bằng trong phát triển tinh thần và thể chất. Nếu không được điều trị, bệnh này sẽ tạo ra những rối loạn nhân cách của người bệnh trong tương lai và đôi khi gây ra những hậu quả nghiêm trọng đối với cộng đồng và xã hội. Một số vụ thảm sát gần đây gây ra ở trường học, nơi công cộng ở các nước phương Tây có nguyên nhân bắt đầu từ những đứa trẻ mắc bệnh tự kỷ ngay từ thời thơ ấu.